A 連作障害は、土壌中の有機成分の腐敗・分解の結果、産生された腐敗物質や無機化した窒素（アンモニア態＋硝酸態）、肥料として投入された無機態窒素が直接の原因です。間接的には、腐敗による土壌の物理性の劣悪化（団粒構造の崩壊→緻密化→腐敗硬盤層形成等）や、それに伴う生物性、化学性の悪化等です。無施肥のたんじゅん農法ではそのようなことは起こりません。
通常（過去の自然・有機栽培）では、根圏にミミズやセンチュウ等の、微小生物も集まります。根圏微生物相（叢）は作物により違い、作物が替われば、これを育てなおさなければいけません。
ところが、土壌微生物を活性化し腐敗をなくせば、厄介な雑草や虫は一切消え、地上部は作物だけになり単一（モノカルチャー）化します。この状態になると、全ての作物に適応できる微生物相になり、余計な行為（餌やり以外）は一切不要です。リンク
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